La contaminación de las aguas puede provenir de fuentes naturales como ejemplo la ceniza de un volcán. La mayor parte de la contaminación proviene de actividades humanas. Industrialización suponen mayor uso de agua, muchos de los cuales van a parar al agua y el uso de medios de transportes marítimos que en ocasiones, son causa de contaminación de las aguas. Las aguas superficiales son en general más vulnerables a la contaminación que las aguas subterráneas, por su exposición a la actividad humana. Una fuente superficial puede restaurarse más rápidamente que una fuente subterránea a través de ciclos.